本學系(所)係由本校醫務管理學研究所以及醫療資訊管理學系兩個單獨系所合併而成，於民國100年8月1日整併完成並更名為「醫務管理暨醫療資訊學系」，擁有大學部、碩士班與碩士在職專班，首任系主任為羅永欽副教授，碩士班分為「醫務管理組」與「醫療資訊組」(「醫療資訊組」於109學年度更名為「智慧醫療組」)，以及碩士醫管在職專班。

簡述兩個前身系所之歷史沿革：

醫療資訊管理學系成立於民國92年8月，為國內目前少數幾個專業醫療資訊管理教育單位之一，結合本校附設醫院醫學中心資源，整合理論與實務，發展醫學資訊學之應用價值。首任系主任為邱亨嘉教授，民國95年8月由李金德教授接任第二任系主任，民國96年9月由羅永欽副教授接任第三任系主任。

醫務管理學研究所前身為本校公共衞生學研究所醫務管理組，成立於民國80年；為因應南部地區醫務管理高等教育供給之不足，復於民國89年成立醫務管理碩士在職專班，受教學生迅速攀升，旋即於民國93年8月1日獨立成所，為南台灣地區唯一設置於醫學大學內的醫務管理學研究所。(詳閱碩士班大事紀)

歷屆系主任